两样本MR+转录组学，以揭示静脉血栓栓塞症与重症新冠肺炎的关系

1、VTE与sCOVID-19的关系

作者使用IVW方法，证明了VTE与sCOVID-19之间存在因果关系（p=0.018338555）（表格1)。

2、敏感性分析

多效性检验结果表明不存在水平SNP多效性（表2)。此外，LOO分析结果与IVW分析结果相似，表明数据可靠性较高（图2）。综合起来，上述结果表明，VTE对sCOVID-19有很强的促进作用。

3、主要sCOVID-19相关基因的鉴定及功能富集分析

作者在GSE145926数据集中鉴定了37个SNP相关基因，其中，sCOVID-19与健康对照之间存在15个DEG，其中包括10个在sCOVID-19中高表达的基因（ACSS2、CYP4V2、EIF6、GBGT1、GSS、MADD、MAPK8IP1、MYBPC3、NT5DC3和SURF6）和5个几乎不表达的基因（CEP250、DDB2、MMP24、PROCR和YIPF2）（图3)。为了进一步阐明这些DEG在sCOVID-19中的潜在生理功能，作者进行了单基因GSEA（图4）。

鉴于sCOVID-19病理生理学与IME之间存在很强的潜在关联，接下来通过检查28种免疫相关细胞的表达谱来探索sCOVID-19患者的IME。结果发现sCOVID-19与对照样本中有15种免疫细胞丰度存在显著差异（图5A)，即sCOVID-19中的适应性免疫反应细胞（例如活化的CD8T细胞、活化的树突状细胞、自然杀伤细胞、效应记忆CD4T细胞、效应记忆CD8T细胞、未成熟B细胞等）明显减少，而炎症和髓系细胞（例如中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞等）明显增多。接下来，作者证明了主要基因与差异免疫细胞之间的紧密关联。特别是，5个很少表达的DEG（CEP250、DDB2、MMP24、PROCR和YIPF2）与适应性免疫细胞直接相关。相反，10个高表达基因（ACSS2、CYP4V2、EIF6、GBGT1、GSS、MADD、MAPK8IP1、MYBPC3、NT5DC3和SURF6）与炎症和髓系细胞直接相关（图5B）。此外，还证实了7个免疫相关网络的得分存在显著差异，即检查点、细胞溶解活性、HLA、炎症促进、MHC_class_I、T_cell_co-inhibition和T_cell_co-stimulation（图5C）。根据结果分析，5个很少表达的DEG与检查点、细胞溶解活性和T细胞共抑制网络呈正相关。相反，10个高表达的DEG与MHC_class_I和T细胞共刺激网络直接相关（图5D）。总之，这些发现表明DEG对于sCOVID-19IME至关重要。

5、DEG与免疫病理学特征密切相关

为了进一步研究DEG与sCOVID-19免疫病理学特征之间的关联，进行了以下分析。就MHC基因集而言，发现3个DEG（B2M、HLA-A和TAPBP）在sCOVID-19中与对照样本相比明显上调。相比之下，12个DEG（HLA-C、HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA2、HLA-DQB1、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-E和TAP2）显示出相反的趋势（图6A）。还证明了B2M、HLA-A和TAPBP基因与5个显著降低的DEG（CEP250、DDB2、MMP24、PROCR和YIPF2）呈负相关（图6B)。在免疫激活剂的情况下，与正常样本相比，sCOVID-19中的CD40、IL6R和MICB明显上调。相反，CD28、CD40LG、CD48、ICOS、ULBP1和LTA含量表现出相反的反应（图6C）此外，还发现CEP250、DDB2、MMP24、PROCR和YIPF2含量与大多数下调的免疫激活因子直接相关（图6D)。最后，在免疫抑制剂方面，sCOVID-19中的CSF1R、IDO1和TGFBR1含量与正常样本相比显著升高。相反，CD96和LAG3水平显示出相反的趋势（图6E）。此外，CEP250、DDB2、MMP24、PROCR和YIPF2含量与CD96和LAG3水平直接相关（图6F）。